Creo haber leido en algun foro que el Tuneup da problemas con vista, o puede dar problemas.
El vista hace cosas bastante raras a veces. Yo tambien tuve que formatear despues de otro problema tras instalar el clonedvd. Despues me compre el Norton Ghost e hice 2 backups, uno tras formatear con drivers, y otro tras instalar los programas que suelo usar.
Al final fue mas facil esto que buscar solucion a mi problema, aunque no tenia nada que ver con el tuyo.
Si no te funciona todo lo que te han dicho, yo formatearia y ya esta.