A ver, para que nos entendamos.
La actualización del PES te cambia TODO el OF. Te hace uno nuevo, vaya.
Es decir, si has metido equipos, escudos, nombres, stats y has cambiado jugadores de equipos, SE LOS CARGA.
No te toca el kitserver, faltaría más, porque Konami no reconoce esa carpeta.
El ks 9.13 es compatible con la actualización.
Pero
NO TODOS LOS PARCHES son compatibles con la actualización, por lo que tendrás que buscar uno que lo sea.
Si no quieres jaleos y no quieres que te toque lo que tienes,
NO ACTUALICES. Pero de momento no tendrás los techfit.
La mayoría de las cosas que tienes en example-root1 te servirán igualmente (cuando instales el ks sobre el exe actualizado), pero habrá muchas que tendrás que modificar por tu cuenta (relink, kits, etc...) o esperar a que salga un parche a tu gusto para esa versión de la actualización.
Pero ten en cuenta que Konami es capaz de actualizar otra vez en un mes y todo a la mierda de nuevo.

Para online sólo podrás jugar con la actualización.