Hola, vamos a intentar resolverlo

Seguramente se te haya desconfigurado las opciones del Game Pad, por tanto, tienes que ir a Settings dentro de la carpeta Pro Evolution Soccer 6 y ajustar los botones tu gusto. Esta captura igual te ayuda:

Espero que te sirva, un saludo. Aun así, este problema mejor postearlo en el hilo del PES6009 en lugar de abrir otro.
Ah ! y viva el PES6009