Hola. Recuerdo que me pasó algo así. Lo que te diría es que uses el PES 2011 Editor. Ya está en su versión 1.4.
Con este editor editás los nombres de los equipos (entre muchísimas otras cosas). Luego, y antes de actualizar, HACE BACK UP del Edit file. Si sucede lo que comentás, lo solucionás fácilmente, entrando al editor e importando los nombres de los equipos del Edit back upeado para guardarlo en el nuevo Edit file.
Espero haber sido claro.
Link del sitio del PES 2011 Editor: http://www.fifacz.com/editor.aspxSaludos.