Te lo voy a explicar, dentro del parche que te has bajado está el option file, que es un archivo que lleva por nombre
KONAMI-WIN32PES6OPT.
Pues copialo y pegalo en
Mis documentos\KONAMI\Pro Evolution Soccer 6\save\folder1 sustituyendo el que el juego trae por defecto.
Cierro el tema, que segun las normas este mensaje lo deberias haber posteado en el tema que ya hay creado para el parche. Si sigues teniendo problemas postealos en el
post oficial del parche