Si tienes un archivo con extensión AFS, lo cuelgas en la carpeta de donde lo tengas instalado, por ejemplo:
C:\Program Files\KONAMI\Pro Evolution Soccer 6\dat
Y lo sustituyes. Por si acaso, haz antes de eso una copia de seguridad del original.
Y el Kitserver es muy fácil: te vendrá una carpeta llamada Kitserver, le metes en el directorio donde esté instalado y tendrás que meterte allí:
C:\Progra Files\KONAMI\Pro Evolution Soccer 6\kitserver
Allí hay un programa llamado setup. Ábrelo, busca el ejecutable del Pro (pes6.exe) y luego dale a Install. Ya tienes el Kitserver instalado.
Para poner un OptionFile, tienes que ir a Mis Documentos\KONAMI\Pro Evolution Soccer 6\save\folder1 y pegar el OF del parche (llamado KONAMI-WIN32PES6OPT).
Y ya está. Al menos yo lo tengo así y va de puta madre.
Un abrazo, colega