Joer, pos pa esto se requieren post tan largos como la Recta de Meta del circuito de Fuji

xd
Para empezar te explico más o menos por partes como se haría.
Option file: incluye todos los nombres de jugadores y equipos, también los stats (números que definen lo bueno que es el jugador y todo eso)y logos también. Este archivo se guarda dentro de "Mis documentos" y su directorio de KONAMI etc...
Kits: los kits tienen 3 métodos para meterlos al juego, a través de 3 herramientas diferentes (solo usa 1) o GGS (para meterlos en formato de imágen) o en AFS (en formato .bin) o también a traves del kitserver (esta es la mejor manera y la más fácil de instalar un parche).
Logos o escudos: Hay tantos métodos como para los kits, o sea igual, aunque también se pueden meter en el option file.
Canciones, menus, fondos, balones, botas, etc. : es aconsejable meterlos a través del kitserver, aunque con AFS se puede meter todo eso, y los que son imágenes también con GGS.
De todas formas yo me esperaría a que sacaran algún parche y allí ya te dan las instrucciones convenientes. Además, el kitserver es el método más facil de todo ya que te lo dan casi hecho todo.