Porque los option files van en el disco duro, o en las memory card en el caso de la ps2...
Cuando inicias el juego por primera vez siempre se crea una option file, y cuando grabas los cambios en el modo editar o los goles o la liga master o lo que sea se graba en el disco duro. Entonces lo que se hace es sustituir ese option file creado, por otro.
Otra cosa sería ya meter un parche con sonidos o otro tipo de esas, que eso sí que iría en lo que son los archivos del propio juego en si, que por ahora, na de na...
saludos