Por supuesto, en equipos de escritorio puedes armarlos como quieras...y cambiar sus partes muchas veces..Lo importante es apuntarle bien a la placa madre para que sea compatible con las partes que quieres conectar y que tenga una buena perspectiva de actualización a futuro... Por ejemplo, hya placas madre que pueden traer conexión para tarjetas gráficas de tipo AGP, PCI-Express 1.0 y PCI-Express 2.0.... Si compras una placa madre con puerto AGP quedas inmensamente limitado..es un puerto descontinuado por lo que tendrás muy pocas tarjetas gráficas compatibles...Si compras una placa con puerto PCI-Express es otro mundo..tienes muchas opciones de tarjetas, con buenos rendimientos y buenos precios...
Si compras un equipo de escritorio hoy, lo mas recomendable sería que la placa madre tenga puerto PCI-Express 2.0...aunque las tarjetas gráficas compatibles con este puerto corren igual en puertos PCI-Express 1.0 y hasta el momento no hay tarjetas que realmente muestren una diferencia de rendimiento sustancial corriendo bajo 2.0 respecto a cuando corren bajo 1.0...De todas maneras, es recomendable que si estás comprando algo hoy en día, te compres lo mas actualizado, ya que es muy probable que en un futuro cercano, el puerto PCI-Express 2.0 si muestre reales ventajas de rendimiento frente al PCI-Express 1.0, y que incluso llegue el momento en el que salgan tarjetas exclusivas para 2.0 (pero como tedije, actualmente cualquier tarjeta compatible con PCI-Express 2.0 corre en PCI-Express 1.0)....