Bueno muchachos yo tambien tenia el problema y buscando en otras paginas encontre esta solucion haber si le s funciona .
Hoy me termino de bajar el PES 2008 del emule y despues de cambiarle los nombres a todos los jugadores de Alemania (es mi equipo preferido) como un boludo despues me di cuenta q cuando volvi a ejecutar el juego no me habia guardado NADA. Entonces me puse a averiguar de porque era esto, y me entere que no era el unico que tenia el mismo problema. El problema en cuestion es un bug, un error en el juego que se produce cuando jugas con teclado, si jugas con joystick no vas a tener problemas.
Para ello encontre un "emulador" de joystick, que hace esto? emula que tenes un joystick conectado a la pc, pues entonces no tendrias problemas en guardar tu configuracion (option file)
Acá les dejo el archivo que se tienen que bajar (el emulador):
http://www.sendspace.com/file/toewte
pass: bebotinia
Y aca un tutorial que esta explicado para MAME pero sirve y mucho como para instalar el emulador de joystick correctamente:
http://zonaarcade.forumcommunity.net/?t=9123813