Bueno si de que puedes cambiarlos por supuesto que puedes pero vas a tener que hacerlo todo manualemnete es decir:
Tienes que editar los jugadores 1 a 1 con algun programa para eso, por ejemplo el "pes optioneditor" o el "pes fan editor" y luego conseguirte o hacer los kits de tus equipos que quieras reemplazar, hacer los logos y las banderas o si ya consigues todo hecho pues tienes que ir sustituyendo cosa poor cosa te recomiendo que leas el "pes 4 0_text.afs map" en la seccion de tutoriales para que tengas una guia de que es lo que va exactamente a sustituir.
Por cierto rapidamente te puedo decir que los programas que necesitas son:
1.- Graphic studio
2.- AFS explorer o el dkz studio (depende del gusto de cada quien, yo3.- prefiero el primero)
3.- kitserver(o si tienes los kits en formato bin pues usa el dkz o el afs explorer)
3.- Yo uso para conseguir las transparencias de los logos el paint shop pro pero otro parecido te puede servir como el photoshop y tambien si planeas editar otras cosas como los mismos kits necesitas los templates.
4.- Algun editor de option file como los que te mencione anteriormente.
5.- Por si las moscas tambien bajate el we picture decoder
Pues creo que es todo pero como te digo si ya tienes todo pues entons namas corta,pega,sustituye ,etc usando el dkz o el afs explorer pero si planeas publicar eso pues creo que tendrias que pedir permiso a sus respectivos autores de cada equipo si no planeas publicarlo pues no habria problema.
Salu2 y suerte.